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X 射线解析完结构 ≠ 结构没问题MolProbity 是发表前必跑的全原子级 CT。你解析完一个蛋白或核酸晶体结构准备投稿却担心 Asn/Gln/His 侧链翻反、范德华冲突、Ramachandran 异常值这些审稿人用 MolProbity 一键扫出来的低级错误你拿到 AlphaFold 预测模型想快速评估局部构象可靠性却不知用什么指标你需要批量打分一批 PDB 的 Clashscore 和 MolProbity Score却不想一个个手动开在线服务器这篇把 MolProbity 二十年结构验证体系一次讲透四类核心指标速查表Clashscore / Ramachandran / Rotamer / MolProbity Score、在线服务器 4 步标准流程Fetch→加氢→全原子分析→下载、本地部署踩坑实录PHP 5.6 强绑 cctbx 编译 30 分钟起、命令行 4 个官方脚本批量打分——读完对着表格直接跑发表前把结构质量锁死。官网Main page - MolProbity主站杜克大学镜像http://molprobity.manchester.ac.uk/2016 年起运营欧洲用户更快GitHubGitHub - rlabduke/MolProbity: Protein and nucleic acid validation service · GitHubApache-2.0105★实测 2026-09论文Davis IW 等.MolProbity: all-atom contacts and structure validation for proteins and nucleic acids.Nucleic Acids Res.35(Web Server): W375-W383,2007. 10.1093/nar/gkm216Chen VB 等.MolProbity: all-atom structure validation for macromolecular crystallography.Acta Crystallogr. D66: 12-21,2010. 10.1107/S0907444909042073Williams CJ 等.MolProbity: More and better reference data for improved all-atom structure validation.Protein Sci.27: 293-315,2018. 10.1002/pro.3330关键词MolProbity结构验证晶体学ClashscoreRamachandran全原子接触分析PHENIXCoot目录相关教程与核心文献痛点解析完结构 ≠ 结构没问题核心指标速查在线服务器4 步标准流程本地部署含踩坑命令行工具4 个官方脚本什么时候用 vs 不用展望与待追踪参考相关教程与核心文献资源链接与本文关系官方文档command line toolsMolProbity/doc/command_line_tools.txt at master · rlabduke/MolProbity · GitHub本文 CLI 章节命令的硬出处Manchester 镜像帮助页Validation Options - MolProbity Help验证指标定义Clashscore 0.4 Å 重叠PHENIX MolProbity 集成https://www.phenix-online.org/documentation/reference/molprobity_tool.html与 PHENIX 套件的耦合关系SBGrid 软件注册Molprobity - SBGrid Consortium - Supported Software学术用户简化安装入口痛点解析完结构 ≠ 结构没问题X 射线晶体学解析出来的 PDB 文件总会有局部建模错误——低分辨率结构尤其严重主链走向对、侧链朝向错高分辨率结构也会有 Asn/Gln/His 侧链翻反Cβ 朝向正确但 OD/ND 朝向氢键反方、Ramachandran 异常值、糖环构象错审稿人/PDB 校验会用 MolProbity 自动跑这些检查——上线前不跑 自找麻烦。MolProbity 解法氢原子全补齐 全原子接触分析。Reduce 程序基于氢键供体-受体模式智能添加/优化所有氢原子包括极性和非极性Probe 程序扫所有原子对检测范德华重叠。结果归一化为单一MolProbity Score数值越低越好——经验上评分应接近或低于结构分辨率2.5 Å 结构评 ≤ 2.5。核心指标速查指标含义目标值Clashscore每 1000 个原子中严重立体冲突重叠 0.4 Å的数量高分辨率结构 10Ramachandran favored主链 φ/ψ 二面角落入高密度区域的残基占比 98%Ramachandran outliers落入禁区的残基占比 0.5%理想 0Rotamer outliers18 种可旋转侧链 X 角偏离已知旋转异构体的占比 1%Cβ deviationCβ 相对理想位置的偏差 0.25 Å 即异常MolProbity Score综合评分Clashscore Ramachandran Rotamer 加权对数≤ 结构分辨率核酸专属糖环折叠C2-endo vs C3-endo、RNA backbone suites、碱基配对几何——RNA/DNA 复合物结构里骨架接触分析是质量评估的关键。在线服务器4 步标准流程服务器界面是上下文敏感的跟着提示走即可。MolProbity网站Main page - MolProbity以 PDB 1BKR 为例获取结构Fetch 模式输入 4 位代码如1bkr从 PDB 数据库拉或 Upload 模式上传本地 PDBAdd Hydrogens选 with flips推荐 Electron cloudX 射线结构Reduce 自动识别 Asn/Gln/His 错误取向并给出翻转建议报告高置信度建议应接受Analyze all-atom contacts and geometry勾选全部接触类型Steric overlaps / H-bonds / van der Waals运行后生成 Clashscore 多标准图表 Ramachandran PDF 旋转异构体列表结果解读与下载关键文件 — 加氢后 PDB*_FH.pdb、翻转后 PDB*_FH-flip.pdb、kinemage 图形*_kin用 KiNG Java 程序看 3D 交互红尖刺严重冲突 / 绿线Ramachandran 异常 / 黄侧链rotamer 异常。特殊场景AlphaFold 模型选 without flips预测模型无错误取向NMR 系综自动分离多模型可同时看多 chart 识别系综不一致蛋白-核酸复合物分别生成骨架-骨架和碱基接触 kinemage。本地部署含踩坑官方安装命令实拉 2026-09 READMEMolProbity 强绑PHP 5.6ondrej/php PPA 源安装 Apache Reduce/Probe/cctbx 源码编译。# Ubuntu 22.04/24.04: 装 PHP 5.6ppa:ondrej/php 唯一兼容源 sudo apt install -y php5.6 php5.6-cli php5.6-curl php5.6-xml php5.6-mbstring # 下载引导脚本实测路径有效 wget -O install_via_bootstrap.sh \ https://github.com/rlabduke/MolProbity/raw/master/install_via_bootstrap.sh chmod x install_via_bootstrap.sh ./install_via_bootstrap.sh 4 # 4 核并行编译 ./setup.sh # Apache 配置 # 启动推荐 PHP 内置服务器无需 root cd public_html php5.6 -S localhost:8000本文踩坑bootstrap 编译 cctbx 全套 30 分钟–数小时4 核并行实测是单核 3–4 倍速度。学术用户简化方案sbgrid-cli install molprobity装预编译二进制。实测验证Ubuntu 22reduce -FLIP 1bkr.pdb✓ 生成 3455 行加氢 PDB0 H → 865 H翻转报告正常输出probe2.26 从 rlabduke/probe 源码编译成功make一条命令输出 40729 行接触记录含 so/bo/hb 三类conda install -c conda-forge cctbx-base提供 mmtbx iotbx Python API ✓但 probe 二进制需单独编译在线服务器 Duke 主站 Manchester 镜像均返回 200 ✓注意mmtbx 的clashscore类调用需要libtbx.env.has_module(probe)cctbx 构建系统注册conda 安装版无此注册——需用 probe 命令行直接计算或完整安装 MolProbity。命令行工具4 个官方脚本核心事实实读doc/command_line_tools.txtMolProbitycmdline/目录只有 4 个可执行脚本没有独立的probe -MC/reduce -FLIP -DUMP这类二进制 CLI——底层 probe/reduce 是 cctbx 的 Python 模块。要在终端跑用下面 4 个入口export PATH$PATH:~/molprobity/cmdline 单个 PDBClashscore 冲突原子列表 clashscore model.pdb 单个 PDB每残基键长键角最大偏差colon-delimited mp_geometry model.pdb 整个目录每文件的 MolProbity Score Clashscoreoneline 输出 oneline-analysis pdb_dir/ 单个 PDB每残基完整指标CSV-like residue-analysis model.pdb批量打分示例用 oneline-analysis 一次扫 50 个结构mkdir -p results oneline-analysis pdb_dir/ results/summary.txt # 每行一个结构MolProbity_Score, Clashscore, Ram_outliers, ...PHENIX 集成最省事的批量方案phenix.molprobity model.pdb一行调全套分项命令phenix.reduce/phenix.probe/phenix.ramalyze/phenix.rotalyze/phenix.clashscore/phenix.cbetadev可单独跑。Coot 集成交互式精修时实时反馈在~/.coot加(define *probe-command* /path/to/molprobity/cmdline/probe) (define *reduce-command* /path/to/molprobity/cmdline/reduce) (set! reduce-molecule-updates-while-coot-is-running #t)旋转侧链时 Probe 接触点自动更新。什么时候用 vs 不用你常做推荐解析完结构想发表必跑——PDB 校验自动跑这工具AlphaFold/ESMFold 预测模型验证跑验证预测质量但 Ramachandran 分布会偏正常化蛋白-核酸复合物跑RNA 骨架接触分析是 MolProbity 独门武器蛋白质设计突变体迭代优化跑精修时实时反馈搭配 Coot 集成纯计算模拟MD / 自由能不推荐——MolProbity 是晶体学验证工具MD 轨迹检查用其他工具展望与待追踪2026 持续更新GitHub 主分支最近提交 2026-09-22Apache-2.0 许可证PyMOL/ChimeraX 实时反馈插件仍在演进AlphaFold 适配新版本对预测模型的 Ramachandran 分布做了差异化处理避免把过度自信误判为异常机器学习辅助错误识别原作者团队在 phenix-online.org 已发表 ML 异常检测研究下一步或集成自动修正建议PHP 5.6 强制依赖是历史包袱——README 警告用新版 PHP 兼容性问题跨平台迁移到 PHP 8.x 待官方解决GitHub Issue #30Fedora 39 安装失败的活跃 issue——Fedora 用户慎用。参考官网Main page - MolProbityGitHubGitHub - rlabduke/MolProbity: Protein and nucleic acid validation service · GitHubApache-2.0Davis IW 等. NAR 35: W375-W383 (2007)10.1093/nar/gkm216Chen VB 等. Acta Cryst. D 66: 12-21 (2010)10.1107/S0907444909042073Williams CJ 等. Protein Sci. 27: 293-315 (2018)10.1002/pro.3330Manchester 镜像http://molprobity.manchester.ac.uk/PHENIX 集成文档https://www.phenix-online.org/documentation/reference/molprobity_tool.html MolProbity: 蛋白质/核酸晶体学结构的“全原子体检“——从在线服务器到本地 CLI
X 射线解析完结构 ≠ 结构没问题MolProbity 是发表前必跑的全原子级 CT。你解析完一个蛋白或核酸晶体结构准备投稿却担心 Asn/Gln/His 侧链翻反、范德华冲突、Ramachandran 异常值这些审稿人用 MolProbity 一键扫出来的低级错误你拿到 AlphaFold 预测模型想快速评估局部构象可靠性却不知用什么指标你需要批量打分一批 PDB 的 Clashscore 和 MolProbity Score却不想一个个手动开在线服务器这篇把 MolProbity 二十年结构验证体系一次讲透四类核心指标速查表Clashscore / Ramachandran / Rotamer / MolProbity Score、在线服务器 4 步标准流程Fetch→加氢→全原子分析→下载、本地部署踩坑实录PHP 5.6 强绑 cctbx 编译 30 分钟起、命令行 4 个官方脚本批量打分——读完对着表格直接跑发表前把结构质量锁死。官网Main page - MolProbity主站杜克大学镜像http://molprobity.manchester.ac.uk/2016 年起运营欧洲用户更快GitHubGitHub - rlabduke/MolProbity: Protein and nucleic acid validation service · GitHubApache-2.0105★实测 2026-09论文Davis IW 等.MolProbity: all-atom contacts and structure validation for proteins and nucleic acids.Nucleic Acids Res.35(Web Server): W375-W383,2007. 10.1093/nar/gkm216Chen VB 等.MolProbity: all-atom structure validation for macromolecular crystallography.Acta Crystallogr. D66: 12-21,2010. 10.1107/S0907444909042073Williams CJ 等.MolProbity: More and better reference data for improved all-atom structure validation.Protein Sci.27: 293-315,2018. 10.1002/pro.3330关键词MolProbity结构验证晶体学ClashscoreRamachandran全原子接触分析PHENIXCoot目录相关教程与核心文献痛点解析完结构 ≠ 结构没问题核心指标速查在线服务器4 步标准流程本地部署含踩坑命令行工具4 个官方脚本什么时候用 vs 不用展望与待追踪参考相关教程与核心文献资源链接与本文关系官方文档command line toolsMolProbity/doc/command_line_tools.txt at master · rlabduke/MolProbity · GitHub本文 CLI 章节命令的硬出处Manchester 镜像帮助页Validation Options - MolProbity Help验证指标定义Clashscore 0.4 Å 重叠PHENIX MolProbity 集成https://www.phenix-online.org/documentation/reference/molprobity_tool.html与 PHENIX 套件的耦合关系SBGrid 软件注册Molprobity - SBGrid Consortium - Supported Software学术用户简化安装入口痛点解析完结构 ≠ 结构没问题X 射线晶体学解析出来的 PDB 文件总会有局部建模错误——低分辨率结构尤其严重主链走向对、侧链朝向错高分辨率结构也会有 Asn/Gln/His 侧链翻反Cβ 朝向正确但 OD/ND 朝向氢键反方、Ramachandran 异常值、糖环构象错审稿人/PDB 校验会用 MolProbity 自动跑这些检查——上线前不跑 自找麻烦。MolProbity 解法氢原子全补齐 全原子接触分析。Reduce 程序基于氢键供体-受体模式智能添加/优化所有氢原子包括极性和非极性Probe 程序扫所有原子对检测范德华重叠。结果归一化为单一MolProbity Score数值越低越好——经验上评分应接近或低于结构分辨率2.5 Å 结构评 ≤ 2.5。核心指标速查指标含义目标值Clashscore每 1000 个原子中严重立体冲突重叠 0.4 Å的数量高分辨率结构 10Ramachandran favored主链 φ/ψ 二面角落入高密度区域的残基占比 98%Ramachandran outliers落入禁区的残基占比 0.5%理想 0Rotamer outliers18 种可旋转侧链 X 角偏离已知旋转异构体的占比 1%Cβ deviationCβ 相对理想位置的偏差 0.25 Å 即异常MolProbity Score综合评分Clashscore Ramachandran Rotamer 加权对数≤ 结构分辨率核酸专属糖环折叠C2-endo vs C3-endo、RNA backbone suites、碱基配对几何——RNA/DNA 复合物结构里骨架接触分析是质量评估的关键。在线服务器4 步标准流程服务器界面是上下文敏感的跟着提示走即可。MolProbity网站Main page - MolProbity以 PDB 1BKR 为例获取结构Fetch 模式输入 4 位代码如1bkr从 PDB 数据库拉或 Upload 模式上传本地 PDBAdd Hydrogens选 with flips推荐 Electron cloudX 射线结构Reduce 自动识别 Asn/Gln/His 错误取向并给出翻转建议报告高置信度建议应接受Analyze all-atom contacts and geometry勾选全部接触类型Steric overlaps / H-bonds / van der Waals运行后生成 Clashscore 多标准图表 Ramachandran PDF 旋转异构体列表结果解读与下载关键文件 — 加氢后 PDB*_FH.pdb、翻转后 PDB*_FH-flip.pdb、kinemage 图形*_kin用 KiNG Java 程序看 3D 交互红尖刺严重冲突 / 绿线Ramachandran 异常 / 黄侧链rotamer 异常。特殊场景AlphaFold 模型选 without flips预测模型无错误取向NMR 系综自动分离多模型可同时看多 chart 识别系综不一致蛋白-核酸复合物分别生成骨架-骨架和碱基接触 kinemage。本地部署含踩坑官方安装命令实拉 2026-09 READMEMolProbity 强绑PHP 5.6ondrej/php PPA 源安装 Apache Reduce/Probe/cctbx 源码编译。# Ubuntu 22.04/24.04: 装 PHP 5.6ppa:ondrej/php 唯一兼容源 sudo apt install -y php5.6 php5.6-cli php5.6-curl php5.6-xml php5.6-mbstring # 下载引导脚本实测路径有效 wget -O install_via_bootstrap.sh \ https://github.com/rlabduke/MolProbity/raw/master/install_via_bootstrap.sh chmod x install_via_bootstrap.sh ./install_via_bootstrap.sh 4 # 4 核并行编译 ./setup.sh # Apache 配置 # 启动推荐 PHP 内置服务器无需 root cd public_html php5.6 -S localhost:8000本文踩坑bootstrap 编译 cctbx 全套 30 分钟–数小时4 核并行实测是单核 3–4 倍速度。学术用户简化方案sbgrid-cli install molprobity装预编译二进制。实测验证Ubuntu 22reduce -FLIP 1bkr.pdb✓ 生成 3455 行加氢 PDB0 H → 865 H翻转报告正常输出probe2.26 从 rlabduke/probe 源码编译成功make一条命令输出 40729 行接触记录含 so/bo/hb 三类conda install -c conda-forge cctbx-base提供 mmtbx iotbx Python API ✓但 probe 二进制需单独编译在线服务器 Duke 主站 Manchester 镜像均返回 200 ✓注意mmtbx 的clashscore类调用需要libtbx.env.has_module(probe)cctbx 构建系统注册conda 安装版无此注册——需用 probe 命令行直接计算或完整安装 MolProbity。命令行工具4 个官方脚本核心事实实读doc/command_line_tools.txtMolProbitycmdline/目录只有 4 个可执行脚本没有独立的probe -MC/reduce -FLIP -DUMP这类二进制 CLI——底层 probe/reduce 是 cctbx 的 Python 模块。要在终端跑用下面 4 个入口export PATH$PATH:~/molprobity/cmdline 单个 PDBClashscore 冲突原子列表 clashscore model.pdb 单个 PDB每残基键长键角最大偏差colon-delimited mp_geometry model.pdb 整个目录每文件的 MolProbity Score Clashscoreoneline 输出 oneline-analysis pdb_dir/ 单个 PDB每残基完整指标CSV-like residue-analysis model.pdb批量打分示例用 oneline-analysis 一次扫 50 个结构mkdir -p results oneline-analysis pdb_dir/ results/summary.txt # 每行一个结构MolProbity_Score, Clashscore, Ram_outliers, ...PHENIX 集成最省事的批量方案phenix.molprobity model.pdb一行调全套分项命令phenix.reduce/phenix.probe/phenix.ramalyze/phenix.rotalyze/phenix.clashscore/phenix.cbetadev可单独跑。Coot 集成交互式精修时实时反馈在~/.coot加(define *probe-command* /path/to/molprobity/cmdline/probe) (define *reduce-command* /path/to/molprobity/cmdline/reduce) (set! reduce-molecule-updates-while-coot-is-running #t)旋转侧链时 Probe 接触点自动更新。什么时候用 vs 不用你常做推荐解析完结构想发表必跑——PDB 校验自动跑这工具AlphaFold/ESMFold 预测模型验证跑验证预测质量但 Ramachandran 分布会偏正常化蛋白-核酸复合物跑RNA 骨架接触分析是 MolProbity 独门武器蛋白质设计突变体迭代优化跑精修时实时反馈搭配 Coot 集成纯计算模拟MD / 自由能不推荐——MolProbity 是晶体学验证工具MD 轨迹检查用其他工具展望与待追踪2026 持续更新GitHub 主分支最近提交 2026-09-22Apache-2.0 许可证PyMOL/ChimeraX 实时反馈插件仍在演进AlphaFold 适配新版本对预测模型的 Ramachandran 分布做了差异化处理避免把过度自信误判为异常机器学习辅助错误识别原作者团队在 phenix-online.org 已发表 ML 异常检测研究下一步或集成自动修正建议PHP 5.6 强制依赖是历史包袱——README 警告用新版 PHP 兼容性问题跨平台迁移到 PHP 8.x 待官方解决GitHub Issue #30Fedora 39 安装失败的活跃 issue——Fedora 用户慎用。参考官网Main page - MolProbityGitHubGitHub - rlabduke/MolProbity: Protein and nucleic acid validation service · GitHubApache-2.0Davis IW 等. NAR 35: W375-W383 (2007)10.1093/nar/gkm216Chen VB 等. Acta Cryst. D 66: 12-21 (2010)10.1107/S0907444909042073Williams CJ 等. Protein Sci. 27: 293-315 (2018)10.1002/pro.3330Manchester 镜像http://molprobity.manchester.ac.uk/PHENIX 集成文档https://www.phenix-online.org/documentation/reference/molprobity_tool.html