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CUTTag技术流程

CUTTag技术流程 CUTTagCleavage Under Targets and Tagmentation)即靶向剪切和标签技术是⼀种利用抗体偶联转座酶剪切技术进行高效、高分辨率的DNA测序文库构建方法也是替换传统的ChIP-Seq用以研究蛋白质-DNA互作关系研究的新方法属于新⼀代超微量蛋白互作DNA的技术。可用于检测组蛋白修饰位点、RNAPOLII和转录因⼦等具有DNA结合功能的蛋白种类对表观遗传学、肿瘤和干细胞等领域的研究具有重要意义。实验流程1抗体与目标蛋白孵育结合2加mg2激活Tn5酶切割DNA加测序接头3富集纯化DNA4构建文库5二代测序数据分析流程1测序数据质控2与参考序列比对3Peak calling统计样品Peak信息峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数4统计样品Uniquely mapped reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度5给出每个样品Peak关联基因列表及GO和KEGG功能注释5在多个样品间对Peak进行差异分析。应用领域1判断DNA链的某一特定位置是否发生某种组蛋白修饰2检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位3研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系4转录因子结合位点研究。技术优势CUTTag省掉了甲醛交联、超声破碎和加测序接头的额外工作使实验时间大大缩短同时因为检测的灵敏度高所需的样品的起始量低。测序量也大大减少。
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