尧图网页设计 
如何把 ETE 3 系统发育分析代码迁移到 ETE 4【免费下载链接】scientific-agent-skillsTurn any AI agent into an AI Scientist. The #1 Agent Skills library for science, used by 190,000 scientists worldwide. 165 ready-to-use validated skills plus 100 scientific databases covering biology, chemistry, medicine, and drug discovery. Compatible with Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity, and the open Agent Skills standard.项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/cl/scientific-agent-skillsETE 4 是一次破坏性 API 修订不是简单的换导入名升级包名从ete3变为ete4Newick 选择的format参数改为parser节点元数据从features改为propsiter_leaves()一类方法改为返回迭代器的leaves()。本文基于 scientific-agent-skills 仓库中 etetoolkit 技能的迁移参考文档migration-ete3-to-ete4.md目标版本为ETE 4.4.02025 年 9 月 3 日发布ETE 4.0.0 与 4.1.1 于 2025 年 3 月 28 日发布4.1.1 起 ETE 4 标记为 out of beta 并上架 PyPI。按文操作后你能把一套基于ete3的旧分析代码改写成在ete4上运行、且科学输出可核对的新代码。准备安装并确认 ETE 4.4.0 环境在开始改代码之前先按文档固定版本安装基础包uv pip install ete44.4.0如果旧项目确实还需要 ETE 3文档建议只在必要时让两个 API 并存并且不要在同一条代码路径里隐式混用两者——要明确命名兼容边界并分别测试。安装完成后确认当前环境uv run --with ete44.4.0 python -c import ete4; print(ete4.__version__)打印4.4.0说明隔离运行环境里的包版本符合迁移文档的验证基线。若工作流还涉及渲染按需只加对应 extraSmartView 静态 PNG 截图需要ete4[render-sm]Qt 树视图矢量 PDF/SVG需要ete4[treeview]命令形如uv pip install ete4[treeview]4.4.0。迁移第一步机械检索 ETE 3 符号文档给出了一个可直接用于搜索旧代码的模式清单。先在代码库中检索以下字符串定位所有需要改写的调用点from ete3 TreeNode format features feature attributes attribute add_feature add_features .features get_ascii get_tree_root get_common_ancestor get_leaves iter_leaves get_descendants iter_descendants get_leaf_names get_leaves_by_name convert_to_ultrametric topology_only is_leaf() is_root() ClusterTree TreeStyle NodeStyle命中之后对照下面的逐项映射替换替换完成后再检查 Newick 解析器、迭代器消费方式、属性导出语义、可视化布局这几类容易漏掉的点。逐项替换 API 变更导入与类名# ETE 3 from ete3 import NCBITaxa, PhyloTree, Tree# ETE 4 from ete4 import GTDBTaxa, NCBITaxa, PhyloTree, TreeETE 3 中TreeNode和Tree是等价类ETE 4 只用Tree。可视化相关导入也搬了家# ETE 3 from ete3 import NodeStyle, TextFace, TreeStyle # ETE 4 from ete4.treeview import NodeStyle, TextFace, TreeStyle如果代码用到 Web 可视化from ete4.smartview import Layout, PropFace, TextFace注意 SmartView 和 treeview 的TextFace是不同类型两套布局字典与 face 互不兼容迁移时不能交叉使用。文件读取路径字符串不再可靠ETE 3 允许直接传路径tree Tree(tree.nw, format1)ETE 4 的约定是Newick 文本用字符串文件输入传打开的文件对象from pathlib import Path with Path(tree.nw).open(encodingutf-8) as handle: tree Tree(handle, parser1)ETE 4.4.0 内部仍保留路径字符串启发式但文档明确说依赖它与文档化契约冲突、会让输入行为变得含糊所以迁移时应全部改成打开文件对象的方式。带属性的新节点构造同样变了# ETE 3 tree Tree(nameroot, dist0, support1) # ETE 4 tree Tree({name: root, dist: 0, support: 1})属性模型features 到 propsETE 3 要求 name、distance、support 有默认值ETE 4 中这些属性可以缺席便捷访问器可能返回None。读写元数据的方法名全部换掉# ETE 3 node.add_feature(habitat, marine) node.add_features(groupcase, score0.8) print(node.features) # ETE 4 node.add_prop(habitat, marine) node.add_props(groupcase, score0.8) print(node.props)参数重命名规律feature/features、attribute/attributes、property/properties统一映射到prop/props。原来用hasattr(node, x)判断自定义元数据的写法改为if x in node.props: value node.props[x]查找、谓词与迭代器重命名查找和谓词的对照ETE 3ETE 4tree Atree[A]tree.get_tree_root()tree.rootnode.is_leaf()node.is_leafnode.is_root()node.is_roottree.get_common_ancestor(a, b)tree.common_ancestor(a, b)node.get_ancestors()node.ancestors()tree.get_leaves_by_name(A)tree.search_leaves_by_name(A)注意is_leaf、is_root在 ETE 4 中是属性不带括号调用。迭代器重命名ETE 3ETE 4get_leaves()/iter_leaves()leaves()get_descendants()/iter_descendants()descendants()get_edges()/iter_edges()edges()get_leaf_names()leaf_names()get_ancestors()ancestors()一个容易踩的坑ETE 4 的这些方法返回的是迭代器。len(tree.leaves())或对结果下标取值都会失败必须先转成列表leaves list(tree.leaves()) names list(tree.leaf_names())按名查找两种实现下都返回第一个匹配当节点名是身份标识时要自行校验唯一性。Newick 读写format 到 parser# ETE 3 tree Tree(newick, format1) newick tree.write(format1) # ETE 4 tree Tree(newick, parser1) newick tree.write(parser1)解析器也支持name、support这类命名别名。ASCII 输出改为to_str()# ETE 3 print(tree.get_ascii(show_internalTrue)) # ETE 4 print(tree.to_str(show_internalTrue, props[name, dist]))扩展属性语义是反的务必单独检查。ETE 3 里features[]表示导出所有可用属性ETE 4 中tree.write(props[]) # 不导出任何扩展属性 tree.write(props[species, host]) # 只导出选定属性 tree.write(propsNone) # 导出全部可用属性文档强调对外输出时应使用显式的选定属性列表。另外write()要使用关键字参数ETE 4 中它的第一个位置参数是outfile不再是 ETE 3 的属性选择。自定义格式化器的写法也变了# ETE 3 newick tree.write( format1, dist_formatter%0.1f, name_formatterTEST-%s, ) # ETE 4 from ete4.parser import newick parser newick.make_parser( 1, dist%0.1f, nameTEST-%s, ) text tree.write(parserparser)距离、拓扑与 Robinson-FouldsETE 3ETE 4A.get_distance(B)tree.get_distance(A, B)topology_onlyTruetopologicalTrueconvert_to_ultrametric()to_ultrametric()resolve_polytomy(recursiveTrue)resolve_polytomy(descendantsTrue)中点外群的旧两步写法get_midpoint_outgroup()set_outgroup()仍然有效ETE 4 另加了直接写法tree.set_midpoint_outgroup()。距离矩阵方面ETE 4.4.0 新增distance_matrix()文档说明它取代cophenetic_matrix()新代码用前者。robinson_foulds()的返回值从 5 个变成 7 个只解包 5 个值的旧代码必须更新( rf, max_rf, common, edges_self, edges_other, discarded_self, discarded_other, ) tree.robinson_foulds(other)参数名也从 feature 系改成了prop_t1、prop_t2系。随机树生成# ETE 3 tree.populate( size, names_librarynames, random_branchesTrue, dist_range(0, 1), ) # ETE 4 import random tree.populate( size, namesnames, modelyule, dist_fnrandom.random, support_fnlambda: 1, )如果生成的拓扑或距离需要可复现要自己设置随机种子。PhyloTree 基因树分析的陷阱PhyloTree的核心方法保留了但要用 ETE 4 的属性和迭代器语法from ete4 import PhyloTree tree PhyloTree( ((Hsa|g1,Ptr|g1),Mmu|g1);, sp_naming_functionlambda name: name.split(|, 1)[0], ) events tree.get_descendant_evol_events(sos_thr0.0) for leaf in tree.leaves(): print(leaf.name, leaf.species)三个具体要点物种感知方法要显式传入sp_naming_function。文档指出当前源码的默认值是None尽管旧文档描述过自动取前三位的规则不能依赖它。物种重叠事件检测要求 rooted 且完全二歧化的基因树。不要把物种树传给get_descendant_evol_events()——ETE 4.4.0 中它的签名只接受sos_thr。做比对时用reconciled_tree, events gene_tree.reconcile(species_tree)事件检测后读取node.props.get(evoltype)来检查节点事件类型不要再依赖 ETE 3 的 feature 辅助方法。分类数据库存储位置与 GTDBETE 3 时代的示例通常指~/.etetoolkit/taxa.sqliteETE 4 把分类数据存到~/.local/share/ete/文档把当前文档中约 600 MBNCBI与 72 MBGTDB的数字定性为本地首次使用的占用估算而不是压缩后的网络下载体积——归档大小随版本变化解析后的 SQLite 和临时转换文件还需要额外空间磁盘预算要留足。ETE 4 新增了一等公民式的 GTDB 支持from ete4 import GTDBTaxaNCBI 数字 TaxID 与 GTDB 字符串标识符不可互换混用会出错。可视化迁移SmartView 是 ETE 4 的首选路径from ete4 import Tree tree Tree(((A,B),C);) tree.explore() tree.render_sm(tree.png)自定义 SmartView 布局from ete4.smartview import Layout, PropFace def draw_node(node): if node.is_leaf: return PropFace(name, positionright) layout Layout(labels, draw_nodedraw_node) tree.explore(layouts[layout])保留 Qt treeview 的旧代码只需要改导入位置from ete4.treeview import NodeStyle, TreeStyle并按前面说明安装ete4[treeview]extra。文档给出的分工是需要矢量 PDF/SVG 时 Qt treeview 仍是选项SmartView 的render_sm()在 ETE 4.4.0 中产出的是 PNG 截图数据。ClusterTree 在 ETE 4 中不存在这是迁移中的不支持项旧代码如果依赖它必须移除或重做# ETE 3 from ete3 import ClusterTree# ETE 4.4.0 下的实际报错 ImportError: cannot import name ClusterTree from ete4文档明确不要把ClusterTree、linked matrix profiles、silhouette、Dunn 方法描述为 ETE 4 的能力这些计算应改用受维护的聚类库树拓扑展示用普通 ETETree即可。ete4 compare命令行的已知问题文档记录ETE 4.4.0 自带的ete4 compare命令内部仍调用Tree(..., format...)会因该关键字被移除而失败。替代方案是用Tree.robinson_foulds()、唯一标签场景下的Tree.compare()或者本技能自带的scripts/tree_operations.py compare辅助命令。同时避免走Tree.compare(has_duplicationsTrue)路径——上游源码把该分支标记为可能损坏。一个完整的移植对照文档给出的端到端示例左边是典型 ETE 3 写法右边是等价 ETE 4 代码# ETE 3 from ete3 import Tree tree Tree(tree.nw, format1) node tree A node.add_feature(group, case) for leaf in tree.iter_leaves(): if leaf.is_leaf(): print(leaf.name) tree.write( outfileout.nhx, format1, features[group], )# ETE 4 from pathlib import Path from ete4 import Tree with Path(tree.nw).open(encodingutf-8) as handle: tree Tree(handle, parser1) node tree[A] node.add_prop(group, case) for leaf in tree.leaves(): if leaf.is_leaf: print(leaf.name) tree.write( outfileout.nhx, parser1, props[group], )这段示例覆盖了迁移中最高频的组合文件对象读入、parser、下标查找、add_prop、迭代器、属性导出列表。验证迁移结果文档给出了一段验证代码用于确认环境版本和新语法都生效import ete4 from ete4 import Tree assert ete4.__version__ 4.4.0 tree Tree(((A:1,B:1)95:0.2,C:1);, parsersupport) assert list(tree.leaf_names()) [A, B, C] assert tree[A].is_leaf round_trip tree.write(parsersupport, props[]) assert round_trip ((A:1,B:1)95:0.2,C:1);其中字符串((A:1,B:1)95:0.2,C:1);同时作为输入和期望回写值是文档示例里带支持值、分支长度的完整 Newickparsersupport保证支持值95按支持值而非节点名解析这段代码本身即是对解析器选择、props[]不导出扩展属性语义和迭代器用法的联合验证。命令行侧可以用本技能目录skills/etetoolkit/下的脚本做二次核对。在该目录下执行tree.nw换成你的实际树文件uv run --with ete44.4.0 python scripts/tree_operations.py \ stats tree.nw --parser 1 uv run --with ete44.4.0 python scripts/tree_operations.py \ ascii tree.nw --parser 1 --props name,dist uv run --with ete44.4.0 python scripts/tree_operations.py \ compare tree_a.nw tree_b.nwcompare子命令内部走的是 ETE 4 的robinson_foulds()七元组解包并会对无名称或重复的叶节点名直接报错拒绝而不是静默产出部分结果适合用来验证旧的两棵树比较流程改写后行为一致。最后按文档的收尾要求执行用带节点名、支持值、分支长度、NHX 属性、重复叶节点和多歧化的代表性树做测试并且比较的是科学输出而不只是代码能否跑通。限制与后续迁移基线是 ETE 4.4.0文档中sp_naming_function默认值、get_descendant_evol_events()签名等结论均针对 4.4.0升级其他版本前需重新核对。ClusterTree相关能力聚类轮廓系数、Dunn 方法等没有 ETE 4 等价物必须换库实现。ete4 compare与Tree.compare(has_duplicationsTrue)在 4.4.0 下不可用树比较走robinson_foulds()或 tree_operations.py。分类数据库首次更新会占用可观磁盘空间详见 taxonomy.md解析器选择与核心 API 的完整对照见 api_reference.md。【免费下载链接】scientific-agent-skillsTurn any AI agent into an AI Scientist. The #1 Agent Skills library for science, used by 190,000 scientists worldwide. 165 ready-to-use validated skills plus 100 scientific databases covering biology, chemistry, medicine, and drug discovery. Compatible with Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity, and the open Agent Skills standard.项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/cl/scientific-agent-skills创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考 如何把 ETE 3 系统发育分析代码迁移到 ETE 4
如何把 ETE 3 系统发育分析代码迁移到 ETE 4【免费下载链接】scientific-agent-skillsTurn any AI agent into an AI Scientist. The #1 Agent Skills library for science, used by 190,000 scientists worldwide. 165 ready-to-use validated skills plus 100 scientific databases covering biology, chemistry, medicine, and drug discovery. Compatible with Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity, and the open Agent Skills standard.项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/cl/scientific-agent-skillsETE 4 是一次破坏性 API 修订不是简单的换导入名升级包名从ete3变为ete4Newick 选择的format参数改为parser节点元数据从features改为propsiter_leaves()一类方法改为返回迭代器的leaves()。本文基于 scientific-agent-skills 仓库中 etetoolkit 技能的迁移参考文档migration-ete3-to-ete4.md目标版本为ETE 4.4.02025 年 9 月 3 日发布ETE 4.0.0 与 4.1.1 于 2025 年 3 月 28 日发布4.1.1 起 ETE 4 标记为 out of beta 并上架 PyPI。按文操作后你能把一套基于ete3的旧分析代码改写成在ete4上运行、且科学输出可核对的新代码。准备安装并确认 ETE 4.4.0 环境在开始改代码之前先按文档固定版本安装基础包uv pip install ete44.4.0如果旧项目确实还需要 ETE 3文档建议只在必要时让两个 API 并存并且不要在同一条代码路径里隐式混用两者——要明确命名兼容边界并分别测试。安装完成后确认当前环境uv run --with ete44.4.0 python -c import ete4; print(ete4.__version__)打印4.4.0说明隔离运行环境里的包版本符合迁移文档的验证基线。若工作流还涉及渲染按需只加对应 extraSmartView 静态 PNG 截图需要ete4[render-sm]Qt 树视图矢量 PDF/SVG需要ete4[treeview]命令形如uv pip install ete4[treeview]4.4.0。迁移第一步机械检索 ETE 3 符号文档给出了一个可直接用于搜索旧代码的模式清单。先在代码库中检索以下字符串定位所有需要改写的调用点from ete3 TreeNode format features feature attributes attribute add_feature add_features .features get_ascii get_tree_root get_common_ancestor get_leaves iter_leaves get_descendants iter_descendants get_leaf_names get_leaves_by_name convert_to_ultrametric topology_only is_leaf() is_root() ClusterTree TreeStyle NodeStyle命中之后对照下面的逐项映射替换替换完成后再检查 Newick 解析器、迭代器消费方式、属性导出语义、可视化布局这几类容易漏掉的点。逐项替换 API 变更导入与类名# ETE 3 from ete3 import NCBITaxa, PhyloTree, Tree# ETE 4 from ete4 import GTDBTaxa, NCBITaxa, PhyloTree, TreeETE 3 中TreeNode和Tree是等价类ETE 4 只用Tree。可视化相关导入也搬了家# ETE 3 from ete3 import NodeStyle, TextFace, TreeStyle # ETE 4 from ete4.treeview import NodeStyle, TextFace, TreeStyle如果代码用到 Web 可视化from ete4.smartview import Layout, PropFace, TextFace注意 SmartView 和 treeview 的TextFace是不同类型两套布局字典与 face 互不兼容迁移时不能交叉使用。文件读取路径字符串不再可靠ETE 3 允许直接传路径tree Tree(tree.nw, format1)ETE 4 的约定是Newick 文本用字符串文件输入传打开的文件对象from pathlib import Path with Path(tree.nw).open(encodingutf-8) as handle: tree Tree(handle, parser1)ETE 4.4.0 内部仍保留路径字符串启发式但文档明确说依赖它与文档化契约冲突、会让输入行为变得含糊所以迁移时应全部改成打开文件对象的方式。带属性的新节点构造同样变了# ETE 3 tree Tree(nameroot, dist0, support1) # ETE 4 tree Tree({name: root, dist: 0, support: 1})属性模型features 到 propsETE 3 要求 name、distance、support 有默认值ETE 4 中这些属性可以缺席便捷访问器可能返回None。读写元数据的方法名全部换掉# ETE 3 node.add_feature(habitat, marine) node.add_features(groupcase, score0.8) print(node.features) # ETE 4 node.add_prop(habitat, marine) node.add_props(groupcase, score0.8) print(node.props)参数重命名规律feature/features、attribute/attributes、property/properties统一映射到prop/props。原来用hasattr(node, x)判断自定义元数据的写法改为if x in node.props: value node.props[x]查找、谓词与迭代器重命名查找和谓词的对照ETE 3ETE 4tree Atree[A]tree.get_tree_root()tree.rootnode.is_leaf()node.is_leafnode.is_root()node.is_roottree.get_common_ancestor(a, b)tree.common_ancestor(a, b)node.get_ancestors()node.ancestors()tree.get_leaves_by_name(A)tree.search_leaves_by_name(A)注意is_leaf、is_root在 ETE 4 中是属性不带括号调用。迭代器重命名ETE 3ETE 4get_leaves()/iter_leaves()leaves()get_descendants()/iter_descendants()descendants()get_edges()/iter_edges()edges()get_leaf_names()leaf_names()get_ancestors()ancestors()一个容易踩的坑ETE 4 的这些方法返回的是迭代器。len(tree.leaves())或对结果下标取值都会失败必须先转成列表leaves list(tree.leaves()) names list(tree.leaf_names())按名查找两种实现下都返回第一个匹配当节点名是身份标识时要自行校验唯一性。Newick 读写format 到 parser# ETE 3 tree Tree(newick, format1) newick tree.write(format1) # ETE 4 tree Tree(newick, parser1) newick tree.write(parser1)解析器也支持name、support这类命名别名。ASCII 输出改为to_str()# ETE 3 print(tree.get_ascii(show_internalTrue)) # ETE 4 print(tree.to_str(show_internalTrue, props[name, dist]))扩展属性语义是反的务必单独检查。ETE 3 里features[]表示导出所有可用属性ETE 4 中tree.write(props[]) # 不导出任何扩展属性 tree.write(props[species, host]) # 只导出选定属性 tree.write(propsNone) # 导出全部可用属性文档强调对外输出时应使用显式的选定属性列表。另外write()要使用关键字参数ETE 4 中它的第一个位置参数是outfile不再是 ETE 3 的属性选择。自定义格式化器的写法也变了# ETE 3 newick tree.write( format1, dist_formatter%0.1f, name_formatterTEST-%s, ) # ETE 4 from ete4.parser import newick parser newick.make_parser( 1, dist%0.1f, nameTEST-%s, ) text tree.write(parserparser)距离、拓扑与 Robinson-FouldsETE 3ETE 4A.get_distance(B)tree.get_distance(A, B)topology_onlyTruetopologicalTrueconvert_to_ultrametric()to_ultrametric()resolve_polytomy(recursiveTrue)resolve_polytomy(descendantsTrue)中点外群的旧两步写法get_midpoint_outgroup()set_outgroup()仍然有效ETE 4 另加了直接写法tree.set_midpoint_outgroup()。距离矩阵方面ETE 4.4.0 新增distance_matrix()文档说明它取代cophenetic_matrix()新代码用前者。robinson_foulds()的返回值从 5 个变成 7 个只解包 5 个值的旧代码必须更新( rf, max_rf, common, edges_self, edges_other, discarded_self, discarded_other, ) tree.robinson_foulds(other)参数名也从 feature 系改成了prop_t1、prop_t2系。随机树生成# ETE 3 tree.populate( size, names_librarynames, random_branchesTrue, dist_range(0, 1), ) # ETE 4 import random tree.populate( size, namesnames, modelyule, dist_fnrandom.random, support_fnlambda: 1, )如果生成的拓扑或距离需要可复现要自己设置随机种子。PhyloTree 基因树分析的陷阱PhyloTree的核心方法保留了但要用 ETE 4 的属性和迭代器语法from ete4 import PhyloTree tree PhyloTree( ((Hsa|g1,Ptr|g1),Mmu|g1);, sp_naming_functionlambda name: name.split(|, 1)[0], ) events tree.get_descendant_evol_events(sos_thr0.0) for leaf in tree.leaves(): print(leaf.name, leaf.species)三个具体要点物种感知方法要显式传入sp_naming_function。文档指出当前源码的默认值是None尽管旧文档描述过自动取前三位的规则不能依赖它。物种重叠事件检测要求 rooted 且完全二歧化的基因树。不要把物种树传给get_descendant_evol_events()——ETE 4.4.0 中它的签名只接受sos_thr。做比对时用reconciled_tree, events gene_tree.reconcile(species_tree)事件检测后读取node.props.get(evoltype)来检查节点事件类型不要再依赖 ETE 3 的 feature 辅助方法。分类数据库存储位置与 GTDBETE 3 时代的示例通常指~/.etetoolkit/taxa.sqliteETE 4 把分类数据存到~/.local/share/ete/文档把当前文档中约 600 MBNCBI与 72 MBGTDB的数字定性为本地首次使用的占用估算而不是压缩后的网络下载体积——归档大小随版本变化解析后的 SQLite 和临时转换文件还需要额外空间磁盘预算要留足。ETE 4 新增了一等公民式的 GTDB 支持from ete4 import GTDBTaxaNCBI 数字 TaxID 与 GTDB 字符串标识符不可互换混用会出错。可视化迁移SmartView 是 ETE 4 的首选路径from ete4 import Tree tree Tree(((A,B),C);) tree.explore() tree.render_sm(tree.png)自定义 SmartView 布局from ete4.smartview import Layout, PropFace def draw_node(node): if node.is_leaf: return PropFace(name, positionright) layout Layout(labels, draw_nodedraw_node) tree.explore(layouts[layout])保留 Qt treeview 的旧代码只需要改导入位置from ete4.treeview import NodeStyle, TreeStyle并按前面说明安装ete4[treeview]extra。文档给出的分工是需要矢量 PDF/SVG 时 Qt treeview 仍是选项SmartView 的render_sm()在 ETE 4.4.0 中产出的是 PNG 截图数据。ClusterTree 在 ETE 4 中不存在这是迁移中的不支持项旧代码如果依赖它必须移除或重做# ETE 3 from ete3 import ClusterTree# ETE 4.4.0 下的实际报错 ImportError: cannot import name ClusterTree from ete4文档明确不要把ClusterTree、linked matrix profiles、silhouette、Dunn 方法描述为 ETE 4 的能力这些计算应改用受维护的聚类库树拓扑展示用普通 ETETree即可。ete4 compare命令行的已知问题文档记录ETE 4.4.0 自带的ete4 compare命令内部仍调用Tree(..., format...)会因该关键字被移除而失败。替代方案是用Tree.robinson_foulds()、唯一标签场景下的Tree.compare()或者本技能自带的scripts/tree_operations.py compare辅助命令。同时避免走Tree.compare(has_duplicationsTrue)路径——上游源码把该分支标记为可能损坏。一个完整的移植对照文档给出的端到端示例左边是典型 ETE 3 写法右边是等价 ETE 4 代码# ETE 3 from ete3 import Tree tree Tree(tree.nw, format1) node tree A node.add_feature(group, case) for leaf in tree.iter_leaves(): if leaf.is_leaf(): print(leaf.name) tree.write( outfileout.nhx, format1, features[group], )# ETE 4 from pathlib import Path from ete4 import Tree with Path(tree.nw).open(encodingutf-8) as handle: tree Tree(handle, parser1) node tree[A] node.add_prop(group, case) for leaf in tree.leaves(): if leaf.is_leaf: print(leaf.name) tree.write( outfileout.nhx, parser1, props[group], )这段示例覆盖了迁移中最高频的组合文件对象读入、parser、下标查找、add_prop、迭代器、属性导出列表。验证迁移结果文档给出了一段验证代码用于确认环境版本和新语法都生效import ete4 from ete4 import Tree assert ete4.__version__ 4.4.0 tree Tree(((A:1,B:1)95:0.2,C:1);, parsersupport) assert list(tree.leaf_names()) [A, B, C] assert tree[A].is_leaf round_trip tree.write(parsersupport, props[]) assert round_trip ((A:1,B:1)95:0.2,C:1);其中字符串((A:1,B:1)95:0.2,C:1);同时作为输入和期望回写值是文档示例里带支持值、分支长度的完整 Newickparsersupport保证支持值95按支持值而非节点名解析这段代码本身即是对解析器选择、props[]不导出扩展属性语义和迭代器用法的联合验证。命令行侧可以用本技能目录skills/etetoolkit/下的脚本做二次核对。在该目录下执行tree.nw换成你的实际树文件uv run --with ete44.4.0 python scripts/tree_operations.py \ stats tree.nw --parser 1 uv run --with ete44.4.0 python scripts/tree_operations.py \ ascii tree.nw --parser 1 --props name,dist uv run --with ete44.4.0 python scripts/tree_operations.py \ compare tree_a.nw tree_b.nwcompare子命令内部走的是 ETE 4 的robinson_foulds()七元组解包并会对无名称或重复的叶节点名直接报错拒绝而不是静默产出部分结果适合用来验证旧的两棵树比较流程改写后行为一致。最后按文档的收尾要求执行用带节点名、支持值、分支长度、NHX 属性、重复叶节点和多歧化的代表性树做测试并且比较的是科学输出而不只是代码能否跑通。限制与后续迁移基线是 ETE 4.4.0文档中sp_naming_function默认值、get_descendant_evol_events()签名等结论均针对 4.4.0升级其他版本前需重新核对。ClusterTree相关能力聚类轮廓系数、Dunn 方法等没有 ETE 4 等价物必须换库实现。ete4 compare与Tree.compare(has_duplicationsTrue)在 4.4.0 下不可用树比较走robinson_foulds()或 tree_operations.py。分类数据库首次更新会占用可观磁盘空间详见 taxonomy.md解析器选择与核心 API 的完整对照见 api_reference.md。【免费下载链接】scientific-agent-skillsTurn any AI agent into an AI Scientist. The #1 Agent Skills library for science, used by 190,000 scientists worldwide. 165 ready-to-use validated skills plus 100 scientific databases covering biology, chemistry, medicine, and drug discovery. Compatible with Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity, and the open Agent Skills standard.项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/cl/scientific-agent-skills创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考